希少疾病用医薬品・希少疾病用医療機器のデータをRDF化しよう。その6

日本語のデータをRDF化しよう。

基本的な手順は英語版の時と同じです。OpenRefineを使って，データを綺麗にし（下画像），Export→Templatingにて，json形式に出力します。

英語版の時と同様にprefixを入れ，以前に決めたpredicateを入れていったらOKです。

#!/usr/local/bin/ruby -Ku
require "json"
require "date"
fp_json = []
open("orphan_j.json",'r'){|fp|
 fp_json = JSON.parse(fp.read)
}
puts "@prefix dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix eob: <http://pashworth.org/orangebook#> .
@prefix drgb: <http://bio2rdf.org/drugbank_vocabulary/> .
@prefix drgn: <http://www.nibio.go.jp/drugVocabulary#> .
@prefix odrgn: <http://www.nibio.go.jp/orphanDrugVocabulary#> .
@prefix cc: <http://creativecommons.org/ns#> .
@prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> .
"
puts

fp_json.each do |key,val|
    val.each_with_index do |column,i|
        print "<http://www.nibio.go.jp/orphanDrugTarget#"+ i.to_s + "> drgn:designationFiscalYear \""+ column["Column 1"].to_s + "\";\n"
        print " drgn:designationDate \"" + column["Column 2"].to_s + "\"^^xsd:date;\n";
        if column["Column 3"].nil?
           print " drgn:number \" \";\n"
        else
        print " drgn:number \"" + column["Column 3"] + "\";\n";
        end 
．．．中略
       if column["Column 8"].nil?
            print  "drgb:pharmacology \" \"; \n"
        else
        print " drgb:pharmacology \'\'\'" + column["Column 8"] + "\'\'\';\n";
        end 
．．．中略
        print " drgn:revocationDate \"" + column["Column 23"].to_s + "\"^^xsd:date;\n";
        print " drgn:status \"" + column["Column 24"].to_s + "\".\n";
puts
puts

            end 
end
puts "<http://www.nibio.go.jp/orphanDrug_j.ttl>
 dcterms:creator \"伊藤 真和吏 \" ;
 dcterms:publisher \"独立行政法人　医薬基盤研究所\" ;"
print(" dcterms:date \"",Date.today.to_s,"\"^^xsd:date ;\n")
puts " cc:license <http:\/\/creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0> ."

このような形で，書いていけばOKです。
なお，print " drgb:pharmacology \'\'\'" + column["Column 8"] + "\'\'\';\n";の部分ですが，記述が複数行にわたり，改行が必要な場合には，シングルクオテーション＊３をすることが必要のようです。（そうしないと上手く，SPARQLで調べられませんでした…参考 Turtle literals←Thanks to @32nmさん！！）
実行結果はこのようになります。日本語だと，なんかより親しみが持てる感じがします（私だけ？）

@prefix dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix eob: <http://pashworth.org/orangebook#> .
@prefix drgb: <http://bio2rdf.org/drugbank_vocabulary/> .
@prefix drgn: <http://www.nibio.go.jp/drugVocabulary#> .
@prefix odrgn: <http://www.nibio.go.jp/orphanDrugVocabulary#> .
@prefix cc: <http://creativecommons.org/ns#> .
@prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> .
@prefix db: <http://dbpedia.org/ontology/> .

<http://www.nibio.go.jp/orphanDrugTarget#1> drgn:designationFiscalYear "1993";
 drgn:designationDate "1993-11-15"^^xsd:date;
 drgn:number "(5薬B)第2号";
 drgn:grantPeriod "";
 drgb:name " ";
 dc:description "ゴーシェ病Ⅰ型患者の諸症状(貧血・血小板減少症、肝脾腫等)の改善";
 drgn:designationApplicant "ジェンザイム・ジャパン㈱";
 drgb:pharmacology '''ゴーシェ病Ⅰ型患者の諸症状(貧血、血小板減少症、肝脾腫及び骨症状)の改善''';
 drgb:manufacturer "ジェンザイム・ジャパン㈱";
 eob:approvalDate "1996-07-10"^^xsd:date;
 drgb:product "セレデース注50U";
 drgb:product "セレデース注400U";
 drgb:brand " ";
 drgn:HOT9 " ";
 drgn:approvedNameDrugPackageJ " ";
 drgn:approvedNameDrugPackage " ";
 drgn:JSCC " ";
 drgn:CODE106 " ";
 drgn:approvedName "";
 drgn:approvedNameJ "";
 drgn:CASNumber " ";
 drgn:clinicalTrialNumber " ";
 rdfs:comment "これらの2製剤については現在、供給されていませんが、代わりに指定番号(8薬)第81号の製剤が供給されています。";
 drgn:revocationDate ""^^xsd:date;
 drgn:status "承認".
 drgn:specifiedDiseaseNumber " ";
・・・中略
<http://www.nibio.go.jp/orphanDrug_j.ttl>
 dcterms:creator "伊藤 真和吏 " ;
 dcterms:publisher "独立行政法人　医薬基盤研究所" ;
 dcterms:date "2013-09-04"^^xsd:date ;
 cc:license <http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0> .

これでデータのRDF化がひと通り完成しました。バンザーイ。
（後で補足はするかもしれません。）

次回予告

せっかく，データをRDF化したので，次回はこれらのデータを使って，SPARQLでのクエリを投げてみましょうか（予定は未定，ちょっと遅くなるかもです。）SPARQLのクエリを投げると，より口語的な表現で，データを得ることが出来るようになります。ここがRDFの醍醐味の１つ，でもあるかもしれません。乞うご期待ください☆